NieR: Automata cuenta la historia de los androides 2B, 9S y A2 y su batalla para recuperar la distopía impulsada por máquinas invadidas por poderosas máquinas. La humanidad ha sido expulsada de la Tierra por seres mecánicos de otro mundo.
En un esfuerzo final por recuperar el planeta, la resistencia humana envía una fuerza de soldados androides para destruir a los invasores. Ahora, continúa una guerra entre máquinas y androides.
Una guerra que pronto podría revelar una verdad del mundo olvidada hace mucho tiempo.